200 Jahre ist es her, seit Lieutenant Ellen Ripley sich in ein Becken glühenden Metalls stürzte, weil sie wusste, dass sie ein Alien in sich trägt. Nach zahlreichen missglückten Versuchen ist es nun dem Wissenschaftler Dr. Wren und seinem Team auf dem Forschungsraumschiff Auriga gelungen, aus einem Tropfen Blut der Verstorbenen einen Klon herzustellen. Dabei geht es ihnen aber gar nicht um Ripley selbst, sondern um die Alien-Königin, die sie in sich trägt. Sie wollen durch Erforschung der Aliens eine perfekte, weil unzerstörbare Kampfmaschine gewinnen. Sobald wie möglich holen sie deshalb die Alien-Königin per Kaiserschnitt. General Perez und seine Truppe zwielichtiger Schmuggler kommen an Bord der Auriga, um Dr. Wren menschliche Versuchsobjekte zu bringen, die den neuen Alienlarven als "Wirte" dienen sollen. Bei ihren Erkundungszügen durch die Auriga entdecken die Weltraumpiraten auch Ripley, die durch ihre Mischung aus Alien- und menschlicher DNA bemerkenswerte Eigenschaften hat. Sie verfügt über übermenschliche Kräfte und kann die Anwesenheit von Aliens spüren. Ausserdem fliesst auch in ihren Adern pure Säure statt Blut. Plötzlich bricht die Hölle los auf der Auriga: Den Aliens gelingt die Flucht aus den Forschungslabors, und sie richten ein furchtbares Blutbad an. Nur wenige, darunter Ripley, Wren und die Schmuggler, überleben ihre Attacke. Verzweifelt versuchen Ripley und die anderen, sich auf das Schmuggler-Raumschiff zu retten. Doch einige von ihnen verfolgen noch andere Pläne: Wren will mitsamt der Aliens auf der Erde landen, um seine Forschung weiterführen zu können, und Annalee Call, eine der Weltraum-Piraten, ist ebenfalls in einer geheimen Mission unterwegs. Auf ihrer gefährlichen Flucht haben sie nicht nur weitere Opfer zu beklagen, Ripley macht zudem eine grausige Entdeckung: Auch bei der Alien-Königin hat die DNA-Mischung Spuren hinterlassen. Sie ist jetzt nicht nur in der Lage, lebend zu gebären, ihre neuen Nachkommen sind zudem Furcht erregender als alles, was Ripley jemals gesehen hat ...