Vor zwei Jahren dachte Jason Bourne, er sei seiner Vergangenheit endgültig entkommen. Doch nun steht seine Vergangenheit wieder vor der Tür. Denn als bei einer riskanten Geheimaktion in Berlin ein CIA-Agent getötet wird, zeigen alle Indizien auf Bourne als Täter. Bourne war einst ein hoch spezialisierter Agent und Killer, der für den US-Geheimdienst die Kohlen aus dem Feuer holte. Seit zwei Jahren war er spurlos verschwunden. Im Zuge der Ermittlungen stellt CIA-Mitarbeiterin Pamela Landy Nachforschungen über den mysteriösen Top-Agenten an. Alles scheint zunächst darauf hinzudeuten, dass Bourne in das Mordkomplott verwickelt ist. Aber Landy wird misstrauisch. Die Puzzelstücke wollen einfach nicht richtig zusammenpassen.