Callum Lynch (Michael Fassbender) ist ein Inhaftierter im Todestrakt. Der Wissenschaftler Joseph bietet ihm jedoch die Möglichkeit, Teil eines aussergewöhnlichen Experiments zu sein: Callum wird Proband einer Maschine namens Animus, die es seinen Nutzern ermöglicht, die Erinnerungen ihrer Vorfahren zu durchleben. Zur Zeit der Spanischen Inquisition verkörpert Callum so den Assassinen Aguilar de Agarorobo, Mitglied eines im Schatten operierenden Geheimordens und Sohn eines ihrer grössten Anführer. Im Zentrum seiner gelebten Erinnerung steht der Jahrhunderte alte Konflikt der Assassinen gegen die machtlüsternen Templer.