Am Ende von "Planet der Affen: Prevolution" verbreitete ein Wissenschaftler das als Alzheimermedikament gedachte Virus ALZ-113. Die Wirkung war verheerend, und ein Grossteil der Menschheit wurde binnen kürzester Zeit dahingerafft. Nur einer von 500 überlebte, dazu gab es Aufstände und Kämpfe, die weitere Opfer forderten. Der Zivilisationsprozess ist abgebrochen, die Grossstädte entleert und überwuchert. Bei den Affen führte das Virus zu einem explosionsartigen Intelligenzzuwachs. Und so lebt die Affenkolonie um den smarten Schimpansen Caesar (Andy Serkis) derweil friedlich in den Wäldern vor San Francisco. Die Menschen sind zehn Jahre nach dem Ausbruch des Virus nur noch ein fernes Gerücht. Doch dann trifft Caesars Sohn inmitten der Wälder auf eine kleine Gruppe von Überlebenden, die mit ihrem Anführer Malcolm (Jason Clarke) einen nahegelegenen Damm erforschen wollen. Sie planen, das Elektrizitätswerk wieder anzuwerfen und die gewonnene Energie nach San Francisco umzuleiten, wo sich eine Menschenkolonie unter der Führung von Dreyfus (Gary Oldman) gebildet hat, deren Reserven nahezu aufgebraucht sind. Affen und Menschen misstrauen sich zwar anfänglich, doch dann kommt man sich näher, und Malcolm und Caesar schenken einander genügend Vertrauen, um schliesslich sogar gemeinsam die Turbinenanlage in Gang zu bringen. Der von Menschenhand und durch brutale Laborversuche entstellte Bonobo Koba beobachtet jedoch argwöhnisch und hasserfüllt den Verständigungsprozess zwischen Caesar und den Menschen.