In der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts entstand im südamerikanischen Dschungel ein interessantes politisches und soziales Experiment: Jesuitische Patres hatten in Paraguay einen Gottesstaat errichtet, in dem die zum Christentum bekehrten Indios ohne Ausbeutung durch europäische Glücksritter in Gütergemeinschaften leben und arbeiten sollten. Als einer der Missionare beim Stamm der Guarani-Indianer den Märtyrertod erleidet, macht sich Pater Gabriel (Jeremy Irons) auf, die Eingeborenen zu bekehren. Mit Mut und Geduld gewinnt er ihr Vertrauen und beginnt mit dem Bau einer Mission. Im gleichen Gebiet treibt aber der finstere Sklavenjäger Mendoza (Robert De Niro) sein Unwesen. Er fällt in eine tiefe Krise, nachdem er aus Eifersucht im Duell seinen Bruder (Aidan Quinn) getötet hat. Gabriel hält Mendoza zur tätigen Busse an und nimmt ihn mit auf seine Mission, wo beide zu Freunden werden und wo Mendoza schliesslich in den Jesuitenorden aufgenommen wird. Das Aufbauwerk der Patres wird allerdings durch die Weltpolitik bedroht. Die Siedlungen stehen der von Spanien und Portugal vorgesehenen neuen Grenzziehung im Weg, zudem stört das Ideal der Gütergemeinschaft die Geschäfte der Kolonialherren. Der vom Papst entsandte Kardinal Altamirano (Ray McAnally) überbringt den Befehl, die Gemeinwesen aufzulösen, die Anlagen zu zerstören und die Indios in die Wildnis zurückzutreiben. Dagegen wollen sich die Guarani wehren. Während Gabriel — hin- und hergerissen zwischen kirchlichem Gehorsam und seiner Fürsorge für die Indios — hofft, die anrückenden Truppen mit passivem Widerstand zu überzeugen, entscheidet sich Mendoza für die bewaffnete Verteidigung. Den drohenden Untergang können beide nicht mehr aufhalten.