Vier Schildkrötenbrüder entdecken eine mystische Welt unter den Strassen New York Citys und müssen lernen, zusammenzuarbeiten, um Gefahren zu trotzen. Hilfe kommt von Ratte Splinter und der jungen April O'Neil. Raphs Kraft hilft ihm nicht, als bei den Mechanoiden und der notorischen Streetgang namens Purple Dragons zwischen die Fronten gerät. Er muss seinen Kopf einsetzen, um sich zu befreien.