In der neuen Serie tauchen die mutierten Schildkröten Leo, Raph, Donnie und Mikey aus den Abwasserkanälen in den Strassen von New York City auf, um Jagd auf die Schurken zu machen, die in den Schatten des Big Apple lauern. Die vier Pizza-Liebhaber müssen sich jedoch nicht nur mit neuen Gefahren auseinandersetzen, auch ihr Teenageralltag sorgt für eine Menge Widrigkeiten. Die Zuschauer dürfen sich ausserdem auf neue Charaktere freuen: Rod ist ein fauler, reicher Junge, der die Mutanten so sehr liebt, dass er alles tun würde, um einer von ihnen zu werden. Bishop wiederum ist eine brillante Erfinderin, die glaubt, dass Mutanten die grösste Gefahr für die Menschheit sind und dass alle von ihnen, einschliesslich der Turtles, eliminiert werden müssen.