Sacha et ses amis rencontrent le Professeur Seko et l'accompagnent dans ses recherches à l'intérieur de plusieurs grottes qui se trouvent dans les environs. Dans l'une d'entre elles, ils découvrent une salle secrète, occupée par un jeune garçon qui les chasse rapidement de ce qu'il appelle sa \" base secrète \". Sur les traces de Sacha et de ses amis, la Team Rocket ne répond pas aussi poliment à la demande du garçon. Au lieu de ça, ils le jettent dehors et s'emparent de la base et du Ningale du jeune homme ! L'affaire se complique lorsque deux factions rivales de la région de Hoenn : la Team Aqua et la Team Magma, s'introduisent dans cette même grotte, qu'ils pensent être la légendaire Grotte Origine...