Frankreich 1943. Die 13-jährige Fanny und ihre jüngeren Schwestern sind zum Schutz vor den Nationalsozialisten in einem Waisenhaus versteckt, einem der letzten Zufluchtsorte für jüdische Kinder. Als die deutschen Truppen vorrücken und die Front sich weiter nach Süden verschiebt, ist die einzige Überlebenschance der Kinder die Flucht in die sichere Schweiz. Dabei wird Fanny unfreiwillig Anführerin einer Gruppe von jüdischen Kindern. Auf dem lebensgefährlichen Weg quer durch Frankreich muss sie ihren ganzen Mut aufbringen, um sich und die anderen zu schützen. Inmitten von Angst, Freude und unerwarteten Begegnungen entdecken die Kinder, wie viel Zusammenhalt und Freundschaft bedeutet. "Fannys Reise" ist eine auf wahren Begebenheiten beruhende Geschichte über Mut, Stärke und Überleben, über ein junges Mädchen, das angesichts von Krieg und Flucht lernt über sich hinauszuwachsen. In erstaunlich leichtem Ton zeigt der Film, was es bedeutet, wenn Kinder auf sich allein gestellt vor Gewalt flüchten müssen und greift damit ein hochaktuelles Thema auf.