Am 11. September 2001 wurde die Welt in ihren Grundfesten erschüttert. Zwei von vier entführten Flugzeugen schlugen ins World Trade Center, eines zerstörte Teile des Pentagons, während das letzte sein Ziel nicht erreichte. "Flug 93" schildert in Echtzeit die Ereignisse an Bord dieses Flugzeuges. Regisseur Paul Greengrass rekonstruiert die letzten Stunden von United Airlines Flug 93. Genau um 8:42 Uhr startet Flug 93 in Richtung San Francisco. Permanent pendelt der Film zwischen den einzelnen Orten des Geschehens hin und her. Ob am Boden oder in der Luft, alle Parteien versuchen händeringend eine Lösung herbeizuführen.