Nos héros accompagnés de Barry atterrissent à Joliberges après un agréable voyage en dirigeable. Mais dès leur arrivée ils sont abordés par la Team Rocket qui leur tend un piège. Les pokémon de tous sont propulsés dans les airs et éparpillés sur les différentes îles de Joliberges. L'endroit est un vrai labyrinthe de voies sans issues et c'est après de longues et difficiles recherches que tout le monde retrouve ses pokémon. Un dernier combat oppose la Team Rocket et les héros, dans lequel Miaouss joue un double jeu!