Les Pokémon se sont détournés de leur route vers Flusselles, pour aller visiter l'unique usine de Poké Balls au monde, dirigée par la Team Rocket. Au moment où ils le comprennent, les héros ont déjà enfermé leurs Pokémon dans les Poké Balls et se retrouvent eux-mêmes prisonniers dans un local de rangement. Mais Pikachu s'échappe et une terrible poursuite s'ensuit lorsqu'il cherche à récupérer la mallette où sont rangées les Poké Balls...