Pikachu, Dedenne et Axoloto ont été kidnappés et après son terrible combat contre Florges, Muplodocus n'est plus en état de les rattraper ! Tandis que nos héros démarrent les recherches, le vrai motif de l'attaque contre l'habitat de Muplodocus devient clair : Florges prend soin d'un pauvre petit Floette, qui a besoin de l'eau guérisseuse de la source pour aller mieux. Mais il semble que cette dernière soit en train de s'assécher. Bientôt, tous découvrent la vérité : la Team Rocket est en train de drainer les marais pour pouvoir vendre l'eau guérisseuse à leur profit ! Muplodocus et Florges décident de s'allier pour combattre leur ennemi commun et leurs efforts combinés vont bientôt envoyer la Team Rocket vers d'autres cieux. Lorsque Sacha voit à quel point Muplodocus est heureux de se retrouver chez lui, il prend une décision difficile, et lui propose de rester et ainsi protéger les marais et ses amis qui y vivent. Après des adieux déchirants, nos héros reprennent leur route vers Romant-sous-Bois, tandis que Muplodocus rentre chez lui !