Nos héros visitent le Paradis Æther, qui fait partie de la Fondation Æther dirigée par la mère de Lilie, Elsa-Mina. Une variété impressionnante de Pokémon vit dans la réserve naturelle, y compris un groupe de Métamorph qui attendent leur vaccin !Le Professeur Pimprenelle demande à nos amis de l'aider tandis qu'Elsa-Mina est au téléphone, mais l'un d'entre eux s'échappe et entraîne nos héros dans une course-poursuite effrénée en ne cessant de se transformer ! Ils finissent par l'attraper, déguisé en Flocon, parce que Lilie réalise qu'elle ne peut pas la toucher ! Pendant ce temps, la Team Rocket se fait engager au Paradis Æther et a bien l'intention de s'emparer de Doudou lorsque soudain, les bandits découvrent le mystérieux laboratoire de Saubohne...