Phineas und Ferb reisen mit der Zeitmaschine in die Zukunft um einen Holz und Eisenverschmelzer zu finden. Candace verfolgt die beiden, und ist mit der Zeitmaschine in der Lage die beiden endlich auffliegen zu lassen. Jedoch sorgt sie damit für ziemliches Chaos, denn diese Veränderung der Ereignisse wirkt sich negativ auf die Welt aus. Doofenschmirtz wird zum Herrscher und die Welt wird zu einem dunklen schrecklichen Ort. Also machen sich Phin, Ferb, Isabella und die (Zukunft, Gegenwart, Vergangenheit) 3 Candaces auf den Weg alles wieder rückgängig zu machen.